Magnezijev oksid je učinkovito sredstvo za pročišćavanje otpadnih voda koje može učinkovito ukloniti ione teških metala poput olova, kadmija, žive itd. Iz otpadnih voda. On formira netopljive taloge kemijskim reakcijama, uklanjajući tako štetne tvari iz vode. Pored toga, može prilagoditi kiselost i alkalnost otpadnih voda, neutralizirati kisele otpadne vode i dostići odgovarajući raspon pH za naknadno liječenje. Magnezijev oksid također može poslužiti kao flokulans za koaguliranje i taloženje suspendiranih čestica u otpadnim vodama, pročišćavajući vodna tijela
